第一，法律風險，鄉產權房的流通轉讓存在很多的限制，因為鄉產權房只具備了普通商品房的使用性質，但不具備普通商品房的法律性質，其并不是商品房。所以，法律法規對商品房的相關規定和制度對鄉產權房是無效的，人民法院也不能適用商品房買賣的法律規定及司法解釋處理涉及鄉產權房的案件，購房人的權益很難得到維護。同時，由于購買鄉產權房的合同是無效的，因此根據法律規定購房人只能要求開發商退還購房款并按銀行同期貸款利率支付利息等。但是根據目前已有的案例來看如果購房人明知所購房屋是鄉產權房仍然購買的，由于己方有過錯，可能人民法院就不會支持其要求賠償損失的請求。而且即使開發商違約，由于合同無效，購買人的權利將無法得到保障。由于鄉產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內，因此在使用房屋的過程中，如果遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，其救濟途徑就非常有限。
第二，政策風險，在購買的是在建鄉產權房，購房人與開發商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓鄉產權房的建設項目，可能就會導致部分項目停建甚至被強迫拆除。那么結果只能是購房人找開發商索要購房款，購房人就可能面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。另外，購房后如果遇到國家征地拆遷，由于鄉產權房沒有國家認可的合法產權，購房人并非合法的產權人，所以其很可能無法得到對產權進行的拆遷補償，而作為實際使用人所得到的拆遷補償與產權補償相比是微乎其微的。
第三，目前，鄉產權房屋的開發建設還沒有明確的規定加以約束，開發建設的監管同樣存在缺位。而鄉產權房屋的開發得不到銀行貸款支持，開發過程中其大量的開發資金沒有政府和銀行進行監管，主要依靠開發商自律進行開發建設，一旦開發單位的資金或其它環節出現問題，極有可能變成爛尾工程。如果是將購房資金預交給沒有任何資質和監管的開發單位，對購房者而言，資金的安全，開發商資金是否按時到位，是否能夠按質按時的交付房屋存在著很大的風險。同時，開發單位的資質沒有，房屋質量和房屋售后保修難以保證。而且，入住后的物業管理也極易出現問題。
第四，由于所購鄉產權房得不到法律的認可和保護，沒有得到國家房地產主管部門的批準，無法辦理合法的產權手續，購買后也不能合法轉讓過戶。同時對房屋的保值和升值也有很大影響。
