房地產抵押權登記的目的主要是為了“公示”，即避免不知情的第三人購買設有抵押權的房產或是再次設定抵押權，以保護公眾的利益。這一點是房地產登記機關應承擔的責任。登記機關的登記行為一般不會影響或干涉當事人的民事行為。因而，在抵押登記中，登記機關只要沒有違法行為或雖由違法行為但該行為與財產損失并無因果關系的，登記機關不應承擔賠償責任。
設定房地產抵押權是當事人自己的民事行為，房地產抵押當事人偽造證據、印章進行登記后，登記機關是否要承擔賠償責任問題，要根據具體情況來確定。在訂立主合同、抵押合同時，當事人有過錯的(如抵押人提供虛假證據或銀行將偽造的證據、印鑒視為真實的而與之簽訂合同)，應當各自根據其過錯承擔相應的民事責任。如果當事人在登記時使用偽造的權屬證書而登記機關未能發現，或是登記機關自己向抵押當事人提供虛假證明，并由此而給抵押當事人造成直接經濟損失的，除過錯方應承擔民事責任外，登記機關也應當承認相應的責任。
以抵押物價值的余額部分再次設定抵押在法律上是允許的，擔保法第三十五條就規定了“財產的價值大于所擔保債權的余額部分，可以再次抵押”。但是，如果是在不了解房地產已經抵押的情況下全額作了重復抵押，這種抵押(后一次抵押)顯然是有問題的。登記機關核準某一抵押權登記后，應視為已經公示，而登記機關又全額為其再次辦理抵押登記，則對此負有不可推卸的責任。
